新生儿发生重度窒息时，会导致各个脏器发生淤血、水肿和出血现象。其中脑部组织受损最严重。

窒息会导致孩子体内各种代谢紊乱，从而影响到中枢神经系统、循环、呼吸系统，而最后导致新生儿缺氧缺血性脑病。新生儿窒息是新生儿缺氧缺血性脑病的原因。

部分患儿会因为脑组织缺氧发生坏死，纤维增生和萎缩，进而产生不同程度的神经系统的后遗症，如智力不全、癫痫、瘫痪和肢体强直等。

虽说不是每个重度窒息的新生儿在治愈都会出现后遗症，不怕一万只怕万一，因此需要防患于未然，孕期就要做好检查工作。